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88必发官网登入等单位联合完成鞍带石斑鱼基因组精细图谱绘制

日期:2019-07-01 16:43    作者:    来源:基因组室     打印    加大 减小

日前,在山东省农业良种工程等项目支持下,88必发官网登入陈松林研究员团队、中山大学林浩然院士团队和美国密歇根州立大学李伟明教授团队等,联合完成了鞍带石斑鱼(龙胆石斑)的全基因组测序和基因组图谱绘制,并解析了其先天性免疫和快速生长的基因组学机制。研究成果于6月22日在国际重要学术刊物《分子生态资源》(Molecular Ecology Resources)上在线发表。

石斑鱼是广泛分布于印度洋-太平洋热带和亚热带海域的岩礁鱼类,也是我国重要的海水养殖经济鱼类。鞍带石斑鱼,俗名龙胆石斑、龙趸,是石斑鱼类中体型最大、生长最快的一种石斑鱼,具有抗病力强、生长快速、味道鲜美等特点,因而广泛应用于石斑鱼杂交育种和良种选育。作为体型最大的肉食性岩礁鱼类,鞍带石斑鱼对于岩礁生态系统亦具有重要影响。

研究人员采用二代测序和HiC三维基因组技术,构建了染色体水平的鞍带石斑鱼基因组图谱,结果显示鞍带石斑鱼基因组大小为1.086Gb,含有24718个蛋白编码基因。进化分析和共线性分析显示,鞍带石斑鱼与三棘刺鱼关系最近,分化时间距今约1亿年,两者的部分染色体发生了融合或分裂;与其他鱼类基因组的比较基因组学分析发现,鞍带石斑鱼具有较完善的先天免疫系统,其中一些参与先天性免疫的基因家族(如NOD-like家族)发生了显著扩张,并发生了显著的DNA序列变化(正选择);同时,一些激素信号传导通路的关键基因亦受到正选择,可能与其生长快速的生物学特征有关。

鞍带石斑鱼基因组精细图谱的完成,为解析石斑鱼科鱼类生长、抗病等重要经济性状的分子机制奠定了重要基础;同时,鞍带石斑鱼全基因组数据也为石斑鱼杂交育种及良种选育技术的发展提供了有价值的基因资源,对于推动石斑鱼产业的可持续发展具有重要意义。

88必发官网登入周茜博士为该论文第一作者,88必发官网登入陈松林研究员、中山大学林浩然院士和美国密歇根州立大学李伟明教授为该论文的通讯作者。该研究获得了山东省农业良种工程、海洋科学与技术试点国家实验室(青岛)海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室“渔业科技青年人才”培养计划、鳌山人才培养计划和泰山学者攀登计划等项目的资助。

鞍带石斑鱼基因组组装

全文链接:“A chromosome-level genome assembly of thegiant grouper (Epinephelus lanceolatus) provides insights into its innate immunity and rapid growth”

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13048。