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88必发官网登入揭示海带DNA甲基化格局及其世代调控特征

日期:2019-08-19 08:59    作者:    来源:生态室     打印    加大 减小

日前,88必发官网登入叶乃好团队在国际植物学主流期刊《New Phytologist》(《新植物学家》)在线发表了题为Single-base methylome profiling of the giant kelp Saccharina japonica reveals significant differences in DNA methylation to microalgae and plants”的研究论文,解析了海带DNA单碱基甲基化精细图谱,阐述了大型褐藻DNA甲基化水平低的主要原因,明确了DNA甲基化在异型世代的分布特征与主要调控途径。

综合运用MeDIP-seq、WGBS-seq、BS-PCR、RNA-seq等组学技术手段,检测并验证了海带中存在DNA甲基化,指出甲基转移酶DNMT2重要功能域缺失是造成海带甲基化水平低的主要因素,发现DNA甲基化参与了诸如多糖合成、卤族代谢、信号转导、性别调控等重要生命活动。研究结果更正了前人大型褐藻中不存在DNA甲基化的认识,为褐藻适应性进化及其异型世代交替发育调控机制研究提供了新的视角。

88必发官网登入范晓助理研究员为该论文的第一作者,叶乃好研究员和英国东英吉利大学的Thomas Mock教授为文章的共同联系作者,法国南特大学、美国加州大学、澳大利亚福林德斯大学、中国科学院海洋研究所、中国科学院大学、厦门大学等单位学者参与了该项工作。研究获得了国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家藻类产业技术体系、山东省泰山学者特聘专家、“鳌山人才”计划等项目的资助。

《New Phytologist》是植物学领域有百余年历史的TOP期刊,2018年影响因子为7.299。文章链接:Xiao Fan, Wentao Han, Linhong Teng, Peng Jiang, Xiaowen Zhang, Dong Xu, Chang Li, Matteo Pellegrini, Chunhui Wu, Yitao Wang, Michelle Joyce Slade Kaczurowski, Xin Lin, Leila Tirichine, Thomas Mock*, Naihao Ye*. Single-base methylome profiling of the giant kelp Saccharina japonica reveals significant differences in DNA methylation to microalgae and plants. (2019). New Phytol. Doi: 10.1111/nph.16125. https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/nph.16125

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图1.海带WGBS-seq精细图谱及基因表达情况

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图2.海带MeDIP-seq图谱和甲基化模式特征

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图3.海带雌雄配子体和孢子体甲基化差异及主要调控途径